呼伦贝尔民族博物馆建于1998年，是在原呼伦贝尔盟文物站、展览馆、文物商店三个科级单位合并而成的，挂博物馆和市文物管理委员会办公室二块牌子，编制33人，仍为科级事业单位，隶属于呼伦贝尔市文化局。内设历史部、民族部、展览办、保管部、保卫部，办公室和旅游纪念品服务中心七个职能部室。其中设高级职称岗位三个，中级十个，其余为初级及工勤人员岗位，承担着对呼伦贝尔市各级博物馆，文物保护机构的业务指导，文物保护，田野调查，遗址管理，历史研究，宣传教育等几项专业性强的工作任务，保管着包括一级文物在内的万余件珍贵文物和标本，管理呼伦贝尔市各级重点文物保护单位和古遗址四百余处。

2003年6月，博物馆旧址原胜利大街南侧占地一万多平方米，馆舍四千多平方米被拆迁，呼伦贝尔市政府决定利用市政府旧楼改建、扩建成新馆。政府旧楼为7.000平方米，是上世纪50年代的仿古建筑，已是值得保护，可公布为市级重点文物保护单位的建筑，在此改扩建成博物馆，有利于对其的保护，其地理位置符合博物馆各项选址的要求。　

扩建工程由建设部设计院和呼伦贝尔设计院设计，于2003年10月1日破土施工，扩建面积为7760平方米，与政府旧楼风格一致，为仿古式中国传统庭院建筑布局与西方开放绿地形式相结合，建成后的呼伦贝尔民族博物馆座北向南，面临胜利大街，将成为呼伦贝尔市旅游重要景点，为群众提供多层次的游览休息的空间。主展厅为三层，一楼大厅为会展中心，面积为1.200平方米，举架7米，跨度18米无柱，为机动展厅，展示呼伦贝尔两个文明建设的各项成果，将发挥一定经济效益；二楼为博物馆的基本陈列，是内蒙古最具特色的展览——《中国北方狩猎游牧民族展》，面积与一楼相同；三楼为呼伦贝尔自然资源展厅，从古生物化石，到现代动植物标本，向世人展示呼伦贝尔丰富的自然资源和美丽的生态环境；旧楼及两个缓建的付楼，还将开辟六个展厅，举办拓跋鲜卑、成吉思汗、萨满文化、国防教育、科技成就、民族艺术等六个专题展览，新馆建成后将充分发挥博物馆的教育功能和社会效益。 　

由于博物馆设计是群落式建筑，一期工程至2004年10月末已完成工作量的56%，现独立的文物库房已投入使用，结束了全市没有文物库房的历史，有利于呼伦贝尔市的文物保护和保养工作的开展，已满足了博物馆基本功能最重要的需要，其他功能正在逐渐实现中，予计2006年当成吉思汗统一蒙古高原，蒙古民族形成800年之际，呼伦贝尔民族博物馆将正式开放。